À la fin du seizième siècle, les moines capucins de Palerme, dont le cimetière était devenu exigu, ont aménagé des cryptes dans lesquelles ils ont disposé des corps momifiés des frères décédés, en commençant par celui de Sylvestro de Gubbio, en 1599. Peu à peu, ces catacombes ont accueilli des défunts issus de grandes familles locales, qui rémunéraient le monastère pour la concession et pour l’entretien des corps : nettoyage, restauration, renouvellement des vêtements. Le lieu est découpé en couloirs : hommes, femmes, vierges, enfants, familles, prêtres, moines, commerçants…
À compter de la fin du dix-neuvième siècle, le lieu n’a plus accueilli de nouveaux pensionnaires, à quelques exceptions près, telle la petite Rosalia Lombardo, morte à deux ans d’une pneumonie et traitée par le célèbre embaumeur Alfredo Salafia en 1920, dont l’état de conservation extraordinaire lui vaut le surnom de « plus belle momie du monde ».
Ouvertes aux touristes, ces catacombes pâtissent à présent de conditions atmosphériques et lumineuses dégradées qui mettent en péril l’état de conservation des huit mille corps qui y sont exposés.